A Magyar Államkincstár alaptevékenysége keretében ellát ellenőrzési feladatokat is, ezen belül a humánszolgáltatásokat nyújtó egyházi és nem állami, nem helyi önkormányzati intézmények fenntartóit megillető állami támogatások ellenőrzésével kapcsolatos feladatokat. Az ellenőrzés célja egyrészt annak értékelése volt, hogy a Kincstár ellenőrzési feladatait szabályszerűen látta-e el és az államháztartáson kívüli szervezeteknek nyújtott támogatások kontrollját megfelelően végezte-e el.
Az Állami Számvevőszék 2017. évre vonatkozó ellenőrzése megállapította, hogy a Kincstár szabályszerűen alakította ki az ellenőrzési feladatellátásával kapcsolatos folyamatait, a jogszabályi előírásoknak megfelelően meghatározta a szervezeti egységek feladatait. A Kincstár elnöke a szociális és köznevelési intézményeket működtető nem állami humánszolgáltatók fenntartóira vonatkozó ellenőrzéseket szabályozó belső előírásokat a jogszabályok rendelkezéseivel összhangban adta ki, ezzel megteremtette az ellenőrzések szabályszerűsége feltételeit.
Az ÁSZ feltárta ugyanakkor, hogy a Kincstár az ellenőrzési feladatait 2017-ben nem szabályszerűen végezte, mert a köznevelési fenntartóknál négyévente, a szociális fenntartóknál kétévente legalább egyszer nem végzett helyszíni ellenőrzést, ezzel nem biztosította a nem állami humánszolgáltatásra fordított költségvetési támogatások felhasználásának rendszeres elszámoltatását. A Kincstár a helyszíni ellenőrzései során betartotta a jogszabályokban foglaltakat és szabályszerűen intézkedett a támogatás jogosulatlan felvétele esetén. Azonban az ellenőrzések végrehajtásáról készített jelentés és nyilvántartás nem tartalmazta a jogszabályban előírtakat, ezért a dokumentálási kötelezettségének a Kincstár nem tett eleget szabályszerűen.
A megállapítások alapján az ÁSZ a Magyar Államkincstár elnökének két javaslatot fogalmazott meg, amelyre 30 napon belül intézkedési tervet kell készítenie.
Az ÁSZ mostani ellenőrzésének célja volt annak az értékelése is, hogy a korábbi számvevőszéki jelentésekben foglalt megállapításokkal és javaslatokkal összhangban készített intézkedési tervekben meghatározott feladatokat a Kincstár végrehajtotta-e. Az ÁSZ utóellenőrzése megállapította, hogy a Kincstár az intézkedési tervekben meghatározott 37 feladatból 17-et határidőben, 11-et határidőn túl hajtott végre, kettőt részben, ötöt nem hajtott végre, két feladat okafogyottá vált.
A jelentésekben tett javaslatok alapján a Kincstár elnöke intézkedett a jogszabályi előírásokkal összhangban a szabályzatok, eljárásrendek módosításáról, az ügyrendek kiegészítéséről, ezáltal a szabályozottság tekintetében a kockázatok megszűntek. A Kincstár elnöke ugyanakkor nem gondoskodott arról, hogy a kormányhivatalokra irányuló éves ellenőrzési tervbe a család- és fogyatékossági támogatási tárgyú ellenőrzéseket beépítsék, így nem biztosította a közpénzek kontrollját. Az Országos Nyugdíjbiztosítási Főigazgatóságtól átvett informatikai rendszerek esetében az adatvédelem szempontjából a sérülékenységi kockázatok egy része továbbra is fennmaradt. A Kincstár elnöke nem gondoskodott arról sem, hogy az intézkedési tervekben meghatározott feladatok végrehajtásáról vezetett nyilvántartás az ellenőrzési jelentésben szereplő valamennyi intézkedési feladatot tartalmazza.
Az Állami Számvevőszék figyelemfelhívó levéllel fordult a Magyar Államkincstár elnökéhez, azért, hogy intézkedjen a jogszabálysértő gyakorlat megszüntetése, illetve az elmaradt feladatok végrehajtása érdekében. A Kincstár 2017. november 1-jétől hivatalban lévő új elnöke válaszában jelezte, hogy megtette a szükséges intézkedéseket a szabálytalanságok, hiányosságok kijavítása érdekében.